Untuk masuk ke Museum Wallacea pengunjung terlebih dahulu harus menaiki sebanyak tangga empat lantai. Maklum, Museum Wallacea menempati lantai 4 gedung pascasarjana Universitas Haluoleo (Unhalu) Kendari Sulawesi Tenggara. Ketika sampai di Museum Wallacea kita akan menyaksikan foto-foto dan beberapa specimen keunikan hayati dan budaya kawasan Wallacea. "Saat ini koleksinya belum terlalu lengkap, baru 230 koleksi", kata Dr. Muzuni, Kepala Museum Wallacea. Namun pengelola museum berusaha keras untuk memperbanyak koleksi agar suatu saat dapat menjadi rujukan keanekaragaman hayati dan budaya kawasan Wallacea ini.

Museum Wallacea diresmikan oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan (Mendikbud) Mohammad Nuh pada tanggal 6 April 2012. Dalam acara peresmian tersebut Mendikbud menyerahkan seperangkat alat musik gambus dari Kabupaten Muna Sulawesi Tenggara kepada Rektor Universitas Haluoleo Prof. Dr. Ir. Usman Rianse. Mendikbud pada kesempatan tersebut berpesan agar di Unhalu dapat menjadi pusat pengembangan budaya kawasan Sulawesi dan sekitarnya.

Museum Wallacea menempati satu lantai di gedung pascasarjana Unhalu Kendari. Ruangan museum tersebut terdiri dari sebuah beranda dan lima buah ruang yang masing-masing ruang menyimpan jenis koleksi yang berbeda. Koleksi yang disimpan di museum ini dapat dikelompokkan menjadi koleksi keanekaragaman hayati perairan, keanekaragaman hayati daratan, keanekaragaman hayati mikroorganisme, dan keanekaragaman budaya kawasan Wallacea.

Museum Wallacea hanya akan menyimpan keanekaragaman hayati dan budaya dari wilayah yang dikelilingi garis imajiner yang disebut garis Wallacea. Garis Wallace adalah sebuah garis hipotetis yang memisahkan wilayah geografi hewan Asia dan Australia. Bagian barat dari garis ini berhubungan dengan spesies Asia sedangkan di bagian timur kebanyakan berhubungan dengan spesies Australia. Garis ini dinamakan Wallacea untuk menghormati Alfred Russel Wallace, yang menyadari perbedaan yang jelas pada saat dia berkunjung ke Hindia Timur pada abad ke-19. Garis ini melalui Kepulauan Melayu, antara Kalimantan dan Sulawesi; dan antara Bali (di barat) dan Lombok (di timur). Daerah yang termasuk dalam kawasan Wallacea mulai dari Bali dan Nusa Tenggara, Sulawesi, kepulauan Maluku, sampai kepulauan Raja Ampat.